An der südlichen Seitenwand der Krypta ragt auffällig der Sarkophag des heiligen Nonnosus heraus. Die Gebeine eines Heiligen dieses Namens wurden 1161 in der Krypta beigesetzt, gerieten aber rasch in Vergessenheit. Als die Krypta 1708 im barocken Stil neugestaltet wurde, wurden die Reliquien wieder aufgefunden und bald zum Ziel einer großen Wallfahrtsbewegung. Denen, die ihn verehrten, galt er als heiliger Mönch und Prior des Klosters auf dem Berg Sorakte nördlich von Rom. Darum ist er zumeist in der Benediktinischen Mönchskutte dargestellt. Sein Fest wird am 2. September gefeiert. 1987 wurde jedoch in Molzbichl in Kärnten eine spätantike Inschrift gefunden, in der ein heiliger Diakon Nonnosus erwähnt wird, der am 2. September verstorben und 533 bestattet worden sei. Ob Nonnosus nun Prior oder Diakon war, sein heiliges Leben in der Kirche der Spätantike und seine Reliquien werden als kostbares Erbe im Freisinger Dom bewahrt und verehrt.