Freisinger Lukasbild
Die byzantinische Marien-Ikone wurde seit 1440 als ein vom Evangelisten Lukas gemaltes Bildnis der Gottesmutter im Freisinger Dom verehrt. Über Italien und England gelangte die Tafel von Byzanz nach Freising. Bischof Nikodemus della Scala (1422-1443) stiftete sie seiner Kathedrale. Sie wurde an besonderen Festtagen im Elisabethaltar im südlichen Seitenschiff des Domes verehrt. Dort wurde das Lukasbild in seiner barocken Inszenierung – präsentiert von Engeln, geborgen in einem kostbaren Silberaltar, ausgestellt. Diese Inszenierung der kostbaren Tafel sowie die Ikone selbst sind heute im DIMU zugänglich.

Die gemalte Scheinkuppel
Die Mutter Gottes, eingerahmt von vier Säulen, als Königliche Frau und Eigentümerin des Domes, umgeben von Tugenden und Engeln. Die gemalte Kuppel wird von den Bildern der vier Evangelisten getragen, von denen Lukas das von ihm gemalte Bild der Gottesmutter in Händen hält.

Mittelfresko
Die fünf großen Deckengemälde im Mittelschiff bestimmen durch die Verbindung von Farbe und Licht den Raumeindruck des 1724 völlig neu gestalteten Kirchenschiffs. Vom Eingang aus richtet sich der Blick zunächst auf das drei Joche umfassende zentrale Bild der Verherrlichung des heiligen Korbinian. Mit den Heiligen, deren Reliquien im Freisinger Dom verehrt werden, empfängt er aus der Hand Christi die Krone des ewigen Lebens.

Hochaltar
Im 17. Jahrhundert bestellt Fürstbischof Veit Adam von Gepeckh beim bedeutendsten Maler der Zeit, Peter Paul Rubens, ein Hochaltarbild. Es zeigt die endzeitliche Kirche in Gestalt der apo¬kalyptischen Frau (Vgl. Offb 12). Gleichzeitig wird in diesem Bild Maria als Patronin des Domes verehrt. Das Originalgemälde befindet sich seit 1804 in der Alten Pinakothek in München. Die Kopie, die im Freisinger Dom zu sehen ist, stammt von Emil Böhm und wurde 1926 angefertigt.

In dem 1625 fertiggestellten Gemälde ist die Figur der apokalyptischen Frau im blau-roten Ornat in der Bildmitte dargestellt. Links von ihr stürzen ineinander verschlungene Dämonen unter dem Flammenbündel des Erzengels Michael nach unten. Rechts von ihr symbolisieren Engel mit Siegeskranz und Lorbeer die von Gottvater, der das Bild mit ausgebreiteten Armen überwölbt, erwirkte Rettung. In der rechten unteren Bildhälfte ist eine Ansicht des Freisinger Dombergs dargestellt, der in freundlichem Licht und unbeeinträchtigt von den Ungeheuern auf der linken Seite erscheint.

Krypta
Der Neubau des romanischen Doms wurde 1159 mit der Errichtung der Hallenkrypta begonnen Der nach Osten durch eine halbrunde Apsis abgeschlossene Raum konnte von Westen her sowie in der Mitte von den Seitenschiffen her betreten werden. Er birgt bis heute die Reliquien des Domes: den Schrein des hiligen Lantpert aus dem Jahre 1973, das Schlupfgrab des heiligen. Nonnosus sowie den Sarkophag des heiligen Korbinian. Nach Osten hin wurde die Krypta 1710 geöffnet und mit der neu errichteten anschließenden Maximilianskapelle verbunden.

Bestiensäule 
Den Mittelpunkt der Krypta bildet die ganz figural gestaltete sogenannte Bestiensäule. Auf ihr sind, der Erzählwelt der mittelalterlichen Aventiure folgend, Ritter im Kampf mit krokodilartigen Drachen dargestellt. Lediglich auf der nach Osten gerichteten Seite der Säule überragt eine Frauengestalt mit einer Blume in den Händen die Kämpfenden. Die Bildwelt der Säule veranschaulicht die Prozesse von Gewalt und Gegengewalt, von denen mittelalterliche Gesellschaften geprägt sind, und die Hoffnung des christlichen Glaubens, die seit der Spätantike von Osten her im Zeichen der aufgehenden Sonne das Heil erwartet.

Korbiniansschrein
In der Maximilianskapelle wird heute der Schrein mit den Reliquien des heiligen Korbinian verehrt. Der Schrein wurde nach der Rettung der Reliquien des Heiligen während der Säkularisation 1861 in Auftrag gegeben und von Ferdinand von Harrach im neugotischen Stil gefertigt. Auf den Längsseiten sind jeweils in der Mitte der heilige Korbinian und der heilige Sigismund dargestellt, umgeben von Heiligen, deren Reliquien im Dom verehrt werden, oder die in besonderem Bezug zur Erzdiözese München und Freising stehen.