Die Hauptorgel des Freisinger Domes wurde 1980 von Orgelbaumeister Winfried Albiez (Lindau) erbaut. Ihr historisches Gehäuse mit den charakteristischen bemalten Flügeltüren datiert aus dem Jahr 1624. Die Disposition mit 52 klingenden Registern stammt vom langjährigen Kirchenmusikdirektor Wolfgang Kiechle.
2019 erfolgte eine umfassende technische und klangliche Revision durch die Firma Orgelbau Kuhn (Männedorf/CH).

Dispositionen

Mechanische Schleifladen, elektrische Registertraktur
Setzeranlage (2007 ergänzt durch Frenger & Eder/Bruckmühl)
Koppeln: III/II, III/I, II/I, III/P, II/P, I/P.
Balanciertritt für Schwellwerk. 
Das Brustwerk ist mit Hilfe eines Schiebereglers am Spieltisch schwellbar.
Windversorgung mit „atmenden Wind“.
Das Instrument hat 3871 Pfeifen.

Hinter dem Hochaltar befindet sich eine Chororgel von G.F. Steinmeyer (1949, 13-II-P). Sie wurde zunächst für den Bayerischen Rundfunk erbaut und unter der Ägide Max Ehams als Chororgel in den Freisinger Dom transferiert.  

Seit 2018 stehen der Dommusik zwei hochwertige Instrumente zur Interpretation Alter Musik von Nils & Henk Klop (NL) zur Verfügung. Das italienische Cembalo verfügt über zwei 8´-Register, die Truhenorgel hat vier Register.

Die neuen Räume der Dommusik
Im ehemaligen Marstallgebäude Domberg 38/40 wurde 2021 ein neues Zentrum für die Dommusik eingeweiht. Neben einem großen und einem kleinen Probensaal stehen dem Team ein Unterrichtsraum, zwei Büroräume und ein Sozialraum mit Teeküche zur Verfügung. 2022 erfolgte der Einbau einer neuen Unterrichts- und Übe-Orgel aus der Werkstatt von Orgelbaumeister Siegfried Schmid (Allgäu) mit 13 Registern auf 2 Manualen und Pedal.