Mit der Sä­ku­la­ri­sie­rung 1802/03 wurden Hofkapelle und Dommusik aufgelöst. Erst mit der Grün­dung des Pries­ter­se­mi­nars 1826 wurde die musikalische Arbeit wieder aufgenommen.

Von 1949-1969 wirk­te der re­nom­mier­te Dom­ka­pell­meis­ter und Pro­fes­sor Max Eham am Frei­sin­ger Dom. Eham setz­te sich nach dem Zweiten Va­ti­ka­ni­schen Kon­zil ma­ß­geb­lich für die Er­neue­rung der Kir­chen­mu­sik ein. Seine Werke ge­hö­ren heute zum Stan­dard­-Re­per­toire vie­ler Chöre. Im Frei­sin­ger Dom ist seine Musik re­gel­mä­ßig in Got­tes­diens­ten zu hören.

In vier Jahrzehnten musikalischen Wirkens prägte Kirchenmusikdirektor Wolf­gang Kiech­le die Dommusik, er wurde 2016 in den Ruhestand verabschiedet.

Das Amt des Dommusikdirektors übernahm im August 2016 der gebürtige Südtiroler Matthias Egger. Dom­chor, die Scho­la und das Dom­or­ches­ter pfle­gen den über­lie­fer­ten Schatz der Kir­chen­mu­sik auf mög­lichst hohem Ni­veau und ma­chen die Ge­mein­de auch mit zeit­ge­nös­si­schen Wer­ken ver­traut.

In der musikalischen Nachwuchsarbeit engagiert sich die Dommusik mit der Domkantorei. Die 2010 gegründete Singschule wird von Matthias Egger und seiner Frau Verena Egger geleitet, Chorgesang, Einzelstimmbildung, Theorie- und Instrumentalunterricht bilden das Angebot. 

Ein besonderes Schmuckstück ist die Orgel von 1622/23. Sie ist eine Gehäuseorgel mit bemalten Flügeltüren. Ein neues Orgelwerk von Winfried Albiez wurde Ende der 70er eingebaut. Es hat 52 Register und drei Manuale.